En häst med EMS är oftast fet med karakteristiska fettansättningar på halsen och nacken (fettnacke), runt svansroten och eventuellt längs överlinjen, särskilt bakom skulderbladen. Dessutom förekommer det ofta att hästen har ökad aptit, törst och urinering till följd av en obalans i insulinproduktionen och för högt blodsocker.

En nedsatt prestationsförmåga är också ett generellt EMS-symtom och hästen framstår ofta som orkeslös på grund av metaboliska störningar och felaktig energibalans.

Ston med EMS kan vara ofruktsamma och ha problem med sin reproduktionscykel. Hormonobalansen i kroppen och en förhöjd nivå av insulin påverkar nämligen könshormonerna.

Hästar med EMS utvecklar ofta fång eftersom de förhöjda halterna av insulin direkt kan ge fång. Det förekommer framförallt när de släpps ut på bete, där sockret i gräset får hästen att producera onormalt mycket insulin som då utlöser fång. Det är alltså inte gräset utan insulinet som är orsaken till fång.